Rezistenca rritet në numër ndërsa njerëzit çlirohen nga Matrica dhe sillen në qytetin e Sionit. Neo zbulon superfuqitë e tij, duke përfshirë aftësinë për të parë kodin brenda Matricës. Me kujdestarët e makinerive që gërmojnë në Sion në 72 orë, Neo, Morpheus dhe Trinity duhet të gjejnë Kryebërësin për të arritur përfundimisht në Burimin.